Malaysia là một quốc gia quân chủ tuyển cử lập hiến liên bang. Hệ thống chính phủ theo mô hình gần với hệ thống nghị viện Westminster, một di sản của chế độ thuộc địa Anh.[36] Nguyên thủ quốc gia là Yang di-Pertuan Agong, thường được gọi là Quốc vương. Quốc vương được bầu theo mỗi nhiệm kỳ 5 năm từ chín quân chủ kế tập của các bang Mã Lai; bốn bang còn lại có nguyên thủ trên danh nghĩa song không tham gia vào việc tuyển lựa. Theo thỏa thuận không chính thức, vị trí Quốc vương sẽ do quân chủ chín bang luân phiên nắm giữ,[36] Vai trò của Quốc vương phần lớn mang tính lễ nghi kể từ sau các thay đổi trong hiến pháp vào năm 1994.[37]

Quyền lập pháp được phân chia giữa các cơ quan lập pháp liên bang và bang. Nghị viện liên bang của Malaysia bao gồm hạ viện và thượng viện.[38] Hạ viện gồm có 222 thành viên, được bầu với nhiệm kỳ tối đa là 5 năm từ các khu vực bầu cử một ghế. Toàn bộ 70 thượng nghị sĩ có nhiệm kỳ 3 năm; 26 người được 13 quốc hội bang tuyển chọn, 44 người được Quốc vương bổ nhiệm theo tiến cử của Thủ tướng.[15] Nghị viện Malaysia theo một hệ thống đa đảng và chính phủ được bầu thông qua một hệ thống đa số chế. Kể từ khi độc lập, cầm quyền tại Malaysia là một liên minh đa đảng được gọi là Barisan Nasional.[15]

Mỗi bang có một quốc hội đơn viện, các nghị viên được bầu từ các đơn vị bầu cử một ghế. Người đứng đầu các chính phủ bang là các thủ hiến (Chief Minister),[15] họ là những thành viên quốc hội và đến từ đảng chiếm đa số trong quốc hội. Tại các bang có quân chủ kế tập, thủ hiến theo thường lệ cần phải là người Mã Lai, do quân chủ bổ nhiệm theo tiến cử của thủ tướng.[39] Các cuộc bầu cử nghị viện được tổ chức 5 năm một lần.[15] Các cử tri đăng ký 21 tuổi hoặc lớn hơn có thể bỏ phiếu để bầu các thành viên của Hạ viện, và bầu các thành viên quốc hội bang ở hầu hết các bang. Bầu cử không bắt buộc.[40] Ngoại trừ Sarawak, cuộc bầu cử cấp bang tại các khu vực còn lại diễn ra đồng thời với bầu cử liên bang.[37]

Quyền hành pháp được trao cho Nội các do thủ tướng lãnh đạo. Thủ tướng phải là thành viên của hạ viện, được Quốc vương chuẩn thuận, nhận được đa số ủng hộ tại nghị viện. Nội các được lựa chọn từ lưỡng viện quốc hội liên bang.[15] Thủ tướng là người đứng đầu nội các và cũng là người đứng đầu chính phủ.[37]

Hệ thống pháp luật Malaysia dựa trên thông luật Anh.[15] Mặc dù cơ quan tư pháp độc lập về lý thuyết, song sự độc lập của chúng bị đặt dấu hỏi và việc bổ nhiệm các thẩm phán thiếu trách nhiệm giải trình và tính minh bạch.[41] Tòa án tối cao trong hệ thống tư pháp là Tòa án Liên bang, sau đó là Tòa thượng tố và hai Tòa cao đẳng, một cho Malaysia bán đảo và một cho Đông Malaysia. Malaysia cũng có một tòa án đặc biệt để xét xử các vụ án do Quốc vương đưa ra hoặc chống lại Quốc vương.[42] Các tòa án Syariah tách biệt với các tòa án dân sự, các tòa này áp dụng luật Sharia trong các vụ án liên quan đến người Hồi giáo Malaysia[43] và vận hành song song với hệ thống tòa án thế tục.[44] Đạo luật An ninh Nội địa cho phép giam giữ không cần xét xử, và án tử hình được áp dụng cho các tội như buôn bán ma túy.[45]

Sắc tộc có ảnh hưởng lớn trong chính trị Malaysia, nhiều chính đảng dựa trên nền tảng dân tộc.[15] Các hành động quả quyết như Chính sách Kinh tế mới[30] và thay thế nó là Chính sách Phát triển Quốc gia, được thực hiện nhằm thúc đẩy địa vị của bumiputera, bao gồm người Mã Lai và các bộ lạc bản địa, trước những người phi bumiputera như người Malaysia gốc Hoa và người Malaysia gốc Ấn.[46] Các chính sách này quy định ưu đãi cho bumiputera trong việc làm, giáo dục, học bổng, kinh doanh, tiếp cận nhà giá rẻ hơn và hỗ trợ tiết kiệm. Tuy nhiên, nó gây ra oán giận rất lớn giữa các dân tộc.[47]